Шербакуль расположен в пределах Ишимской равнины, являющейся частью Западно-Сибирской равнины, на берегу озера Шербакуль, на высоте 118 метров над уровнем моря. В окрестностях Шербакуля распространены чернозёмы обыкновенные языковатые и лугово-чернозёмные солонцеватые и солончаковые почвы. Территория слабо дренирована: реки в окрестностях Шербакуля отсутствуют, поверхностные воды скапливаются в естественных понижениях рельефа, образуя небольшие озёра.
По автомобильным дорогам расстояние до областного центра города Омск составляет 100 км.
Климат резко континентальный, со значительными перепадами температур зимой и летом (согласно классификации климатов Кёппена — влажный континентальный с прохладным летом (Dfb)). Многолетняя норма осадков — 377 мм. Наибольшее количество осадков выпадает в июле — 60 мм, наименьшее в марте — 13 мм. Среднегодовая температура положительная и составляет + 1,4° С, среднесуточная температура самого холодного месяца — января − 17,3° С, самого жаркого — июля + 19,7° С.
